Gagasan untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Palangkaraya berawal dari hasil Muktamar Muhammadiyah ke 41 di Surakarta, yang ditindaklanjuti oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Tengah dengan membentuk panitia pendirian UM Palangkaraya melalui surat keputusan No. A-2/18/SK-PWM/1986 tanggal 28 Agustus 1986.
Pendirian UM Palangkaraya diresmikan oleh Gubernur Kalimantan Tengah dan dihadiri oleh Ketua Majlis Pendidikan Tinggi dan Penelitian Pengembangan Pusat Muhammadiyah, pada tanggal 1 Muharram 1408 H, bertepatan dengan 24 September 1987 M. Pada awal berdirinya, UM Palangkaraya memiliki 4 fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Pertanian dan Fakultas Agama Islam. Perkembangan selanjutnya berdiri Fakultas Teknik pada tahun 1988, Fakultas Kehutanan pada tahun 2000 dan Fakultas Ilmu Kesehatan pada tahun 2006. Pada tahun 2011, Fakultas Pertanian digabung dengan Fakultas Kehutanan dan menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan.
Di bawah ini adalah daftar pemimpin senior yang telah menanamkan banyak pemikiran, komitmen, dan kerja keras dalam apa yang telah menjadi UM Palangakaraya. Pergantian pimpinan/rektor dari sejak 1987 sampai dengan saat ini :